（住宅ローン）「みなとダイレクトバンキング」で一部繰上返済した場合、その月のいつもの返済（約定返済）はしなくてもいいのですか。

いいえ、約定返済は通常どおり行われます。
繰上返済日当日に、繰上返済額と約定返済額が返済口座から引落しになりますので、前日までに返済口座にご入金ください。