運用指図者になっても手数料はかかりますか？

その通りです。運用指図者の方については、年に1回2月に資産残高から口座管理手数料をお支払いいただきます。ただし年金受給開始後は、給付の際に給付時手数料と合わせて給付金から差し引かれます。